Для сравнения двух файлов выделите в окне "Navigator" или "PHP Explorer" оба файла. (для этого кликните на одни файл, нажмите Ctrl и кликните на другой файл). Затем, кликнув правой кнопкой мышки по одному из этих файлов выберите в выпадающем меню Compare with > Each Over.
В Eclipse PDT 2.2.0 это неработает. Ошибка была исправлена в версии 2.2.1, но там, говорят, перестали работать "горячие клавиши" - Toggle Comment,Add Block Comment,Remove Block Comment. В Eclipse PDT 2.3.0 таких проблем нет. Но если по каким то причинам нужна версия 2.2.x - то перейдите по ссылке на слове "говорят".
