В Eclipse есть поиск по конкретному файлу, по всему проекту или по выбранным файлам и папкам. Особенно для меня было интересно последнее. Как сделать поиск по некоторым папкам, например, для компонента Joomla?
Поиск Find по файлу.
В меню выбрать Edit> Find/Replace или нажать Ctrl+F.
Обратите внимание на параметр Wrap Search - осуществление поиска циклически. Если он не выбран, то поиск происходит в зависимости от направления(Direction): Вниз по файлу (Backward) или вверх(Backward).
Поиск Search
В меню выбрать Search> Search или нажать Ctrl+H.
Ищем все слова содержащие текст (например, "Itemid=") в Containing text
При этом ищем эти слова в файлах, маска которых указана в File name patterns (например, "*.php")
"*" обозначает любую строку, "?"-любой один символ
Самое интересное для меня. Мы можем искать по всему Workspace, а можем выбрать Working Set и искать, например, по выбранным папкам (например, "modules").
Для этого нам надо выбрать вариант Working Set, нажать Choose и в появившемся окне нажать на New... ,затем выбрать Resource и в появившемся окне выбрать название рабочего набора Working Set Name и поставить галочки напротив необходимых файлов и папок 
